Los personajes de Persona 5 son estudiantes de instituto normales por la mañana, pero todo cambia cuando llega la noche. A través de sus teléfonos se conectan con otro mundo, el Metaverse, en el que liberan sus Persona. En el Metaverse se encuentran los deseos distorsionados de la gente, manifestándose dentro de los Palacios, donde nuestros Phantom Thieves (el grupo de personajes a los que controlaremos y conoceremos en este rpg) tendrán que unir fuerzas para combatir a los diferentes enemigos, resolviendo enigmas, venciendo a cada dirigente del Palacio y robando ese oscuro deseo que nos muestra como un tesoro. Una vez robado el deseo, podremos comprenderlo.
Cada objetivo del juego tendrá su propio Palacio, que cambiará con respecto a los anteriores, así que deberemos ir con pies de plomo, ya que no será una tarea sencilla con tantas sombras al acecho.
Podemos ver una pequeña muestra de todo esto, que es una parte esencial de Persona 5, justo en el tráiler que tenemos a continuación: