Cada tres pantallas superadas, cada una con su complicación y su mapa, nos tocará una de jefe final en la que tendremos que destrozar todos sus puntos débiles (bolas rojas brillantes que tienen en sus patas, cabeza o en múltiples lugares de su cuerpo) para desbloquear la siguiente zona. Al terminar las cuatro pantallas, además se nos dirá nuestra puntuación final total y ésta quedará registrada online y volverá a cambiarse por otra nueva en caso de que superemos nuestra marca personal. Un pequeño problema que hay con esto de las puntuaciones es que el multiplicador de dentro de las pantallas dura demasiado poco a la hora de enlazar golpes y que además, en el marcador siempre nos desaparecerá la cifra de las centenas al aparecer justo encima la bandera del país de cada cual, de modo que pocas veces uno sabrá en qué puesto real está en la tabla, pero es algo fácil de arreglar con un pequeño parche que animamos a los desarrolladores a lanzar para que los más competitivos sepan en cada momento qué posición ocupan dentro del continente en que estén jugando o de manera mundial incluso.
Nano Assault Neo tiene una curva de dificultad muy bien medida, a cada nuevo «estrato» nos encontraremos con sorpresas que pueden jugarnos una mala pasada hasta que sepamos cómo superarlas. También, es un juego muy bien pensado para el cooperativo y eso en el género escasea, pero ahora con la posibilidad de que cada uno esté en una pantalla (monitor y televisión por un lado y mando de wii u por el otro), los jugadores no se molestan a la hora de estar pegados y a pesar de verse, cada uno puede ir por libre a lo suyo matando y unir fuerzas solo para los jefes finales o para que cada uno se encargue de un enemigo por un lado para que éste caiga antes y así guardar vidas en ambos lados. El cooperativo es a la vez competitivo, porque siempre mostrará cuántos puntos tiene cada uno y quién ha ocasionado más bajas, así que es de lo más divertido que uno pueda echarse en cara. Si ya es divertido jugarse la campaña en solitario, jugar con un amigo es mucho mejor, así que no perdáis la oportunidad si tenéis con quién hacerlo, aunque solo podréis en local, ya que no soporta partidas en línea.