Naked Snake se debate entre numerosas emociones y pensamientos, pero eso no le impide llevar a cabo su misión, reafirmándose en su papel de soldado, aferrándose a su misión para no acabar ahogado en un mar de dudas. Muchas veces veremos como nuestro protagonista parece dejarse llevar, intentando no darle demasiadas vueltas a lo que está haciendo. Ni EVA ni Ocelot ni Volgin ni Sokolov ni Major Zero consiguen ahondar tanto en su alma como The Boss. Ya durante todo el juego se deja entrever una línea trágica, una ominosa premonición, un mal presentimiento que se acerca inexorablemente. Y claro que llega. Llega para destrozar tu corazón en mil pedazos.
La Unidad Cobra ha sido aniquilada, Volgin ha muerto y la amenaza nuclear inmediata ha desaparecido. Pero todavía queda un asunto pendiente: mostrar la inocencia de EE.UU. y eliminar a la traidora cuyas acciones han puesto en peligro al país y al mundo. Sabíamos que ese era uno de nuestros objetivos desde el principio, pero siempre albergamos la esperanza de que hubiese otro modo de resolver el asunto. Sin embargo, The Boss nos ha realizado realmente el examen más duro de nuestras vidas, cimentando el verdadero espíritu del soldado, plantándolo en nuestro interior para que creciese. ¿El soldado debe luchar por su misión o por lo que cree? ¿Son compatibles? ¿Puede derivar una cosa en la otra? ¿Qué ocurre si ambos factores entran en conflicto? La decisión es nuestra y sólo uno de los dos podrá salir vivo del enfrentamiento final.
Ni vencedores ni vencidos. El que sobreviva deberá continuar con la lucha. Se enfrentará a una existencia de batalla sin fin. Todo ello mientras resuena en nuestros oídos el que será el último monólogo de The Boss, donde señala que siempre soñó con un mundo unificado, sin fronteras, sin capitalismo ni comunismo, donde no existiesen las guerras y la humanidad pudiese vivir en armonía. Una visión obtenida desde el espacio, donde la Tierra no es más que un planeta y nosotros sus pequeños habitantes.
En un marco bellísimo, lleno de lirios blancos, que anuncian una tragedia sin igual, Naked Snake sale vencedor. Forzado a eliminar con sus propias manos a su mentora, también ha asesinado a una parte de sí mismo. Ha escogido un camino del que no podrá apartarse nunca, con el peso de sus acciones siempre hundiéndole. Su regreso como héroe a EE.UU. y su nombramiento como Big Boss no significan nada. Son meras cenizas una vez conoce la verdad.
La verdad. Uno de los conceptos más nobles y buscados por el ser humano pero, a su vez, más dolorosos. La verdad. ¿Existe la verdad absoluta? ¿La verdad se forma a partir de nuestras verdades? ¿Cada uno tiene su verdad y sólo son pequeños fragmentos de su totalidad? ¿La verdad es algo inamovible o cambia con el contexto y el tiempo? Sea lo que sea, es la verdad que descubre Naked Snake lo que acabará marcando el resto de su existencia.